11月7日，袁世凯任直隶总督的时候，则保奏段祺瑞“以知府仍留原省补用，并加三品衔”，“兼充武卫右军各学堂总办”。袁世凯没有带着段祺瑞一起北上，而是把段祺瑞和自己的老搭档徐世昌留了下来。山东是新军练成之后开辟的大后方，而武卫右军各学堂则是日后新军不断扩大的基石，袁世凯留下自己的军师和重将，显然是为自己的退路和未来制订了周全的计划。
段祺瑞留了下来，他没有提出什么异议，他自然明白山东对于袁世凯的价值和意义，而且身边有徐世昌陪着，他自然知道袁世凯并没有抛弃他。在随后的时间里，段祺瑞兢兢业业地主持着武卫右军各学堂的事务，更为袁世凯所器重和赏识，而几乎在同时，武卫右军学堂里毕业的年轻人，则在无形之中壮大着皖系的势力，甚至可以说，当袁世凯的北洋系才见萌芽的时候，段祺瑞的皖系已经同时生根，恰在此时，段祺瑞遇到了他一生中最为重要的人。
还是在袁世凯没有上任直隶总督的时候，一个叫徐树铮的人到济南向袁世凯上书，陈述“经武之道”。这个徐树铮字又铮，自号则林，是江苏萧县（今属安徽省宿州市）人，自幼聪颖过人，三岁识字，七岁能诗，十三岁中秀才，十七岁补廪生，人称“神童”。但是，这个“神童”的上书并没有打动袁世凯，他没有留用这个有些自大的年轻人，而是把他打发到段祺瑞那里做了记室。记室这个职位，就相当于秘书，工作也就是帮领导写个报告或者抄录个文件什么的，跟打杂的没有什么分别。