科田法推行一段时间以后，渐渐废弛。起初，科田仅限京畿，后来由于赐给功臣贵族的功臣田和别赐田不断增加，京畿的土地不够，逐渐扩大到外地，特别是土地肥沃的忠清、全罗和庆尚各道。1404年起，土地买卖合法了。[29]贵族和官僚纷纷利用特权兼并土地。于是，又出现公田、公民减少，私田、私民增多的现象。中央的经济、政治实力削弱。1467年，李朝实行职田制，将一定数量土地的收租权分给现任官吏，但兼并之风仍然不能制止，对农民的榨取有增无减。农民往往逃往海岛深山，或者掀起新的武装起义。1467年，咸镜道爆发大规模的农民起义，要求取消号牌法、减轻捐税和惩治贪官污吏。此后百余年，小规模的农民起义连绵不断。
15世纪末，李朝政治腐败，党争不绝。在朝的功臣勋旧官僚集团称“勋旧派”，在书院接受儒家教育的两班子弟和靠科举入仕的新官僚称“士林两班”或“士林派”。两派相互斗争不已。成宗（1469—1494年在位）不满勋旧派的飞扬跋扈，利用士林派加以遏制。士林派势力膨胀。1498年，继位的燕山君（1495—1505年在位）转而依靠勋旧派清洗士林派，史称“戊午士祸”，是为党争之始。此后数百年间，党争不绝，两派又各自分裂成不同的小派，彼此诛戮，国家和人民深受其害。