此时，朝鲜政府对东学党采取了招抚措施，接受义军提出的惩治贪官等要求。义军于6月12日撤出全州，东学党起义基本平息。同一天，驻朝鲜交涉通商大臣袁世凯奉李鸿章命与大鸟圭介举行会谈，商讨双方撤兵问题。朝鲜政府也先后照会日本和中国撤兵。日本政府拒绝撤兵，继续派遣部队入朝，至6月16日，日本派遣部队4000人全部在朝鲜登陆。另有“松岛”、“吉野”等8艘军舰停泊仁川，兵力远在中国之上。同时，日本又向中国提出所谓“共同改革朝鲜内政”方案，即由中日两国向朝派出若干常设委员，查核朝鲜的内政，企图以此将清军拖在朝鲜。李鸿章和总理衙门据理驳斥了日本的提案，表示不干涉朝鲜内政，仍然坚持两国同时撤兵，但没有作出单方面撤军的决定。日本一面准备单独“改革”朝鲜内政，一面极力寻找事端挑起中日冲突。7月中旬，日本外务大臣陆奥宗光明确训示大鸟：“促成中日冲突，实为当前之急务，为实行此事，可以采取任何手段。”还分别于6月22日和7月14日两次向清政府提出绝交书，声称决不撤退驻朝日军，“嗣后因此即有不测之变，我政府不任其责”，充分暴露了日本蓄意挑起战争的险恶用意。