此后大半年时间里，袁崇焕一直关押在狱中。种种迹象表明，崇祯最初似乎并无意处死袁崇焕。当他听说袁崇焕的部将祖大寿等人击退皇太极的消息时，还在兴奋之余亲切地说：守辽非蛮子不可——蛮子，系崇祯对袁崇焕的昵称。但是，袁崇焕所处时代和环境之险恶，完全不是当事人以外者所能想象的。朝廷大臣中，为袁崇焕喊冤者固然有之，必欲除之而后快的政治对手更是不少。何况，还有一些人坚信袁崇焕已经投敌，他们正义凛然地上书崇祯，要求予以严惩。前者，如与毛文龙交厚、曾收受过毛文龙大量贿赂的温体仁，他对袁崇焕杀毛文龙而断了自己的一条生财之路早就恨之入骨，这时候落井下石是情理中事。后者，如山东道御史史范，他在奏章中认为袁崇焕的罪过比秦桧还有过之而无不及。袁崇焕是秦桧，那当今圣上岂不成了忠奸不辨的赵构？对这一说，自视甚高的崇祯不由怒不可遏。一旦曾经脱下衣服给臣子的主子变得怒不可遏，纵然他脱过一千件衣服，臣子的命运也不容乐观。