科普事件平息后，加尔文返回巴黎，在克罗泰勒斯（Crotelles）第一次举行圣餐，并且是以教徒饼酒同领的新形式举行的。此时，路德福音教在法国流传甚广，1534年10月8日在巴黎出现了反对天主教、支持路德的宣传牌。法国国王弗朗索瓦一世震怒，发布迫害福音教徒的敕令，许多人被活活烧死，加尔文不得不再次离开巴黎，化名“马提阿努斯·卢西阿努斯”（Martianus Lucianus），隐居巴塞尔，埋头写作《基督教要义》；1535年8月23日完成初稿，次年3月，由巴塞尔图书印刷商托马斯·普拉特尔（Thomas Platter，1499—1582）印刷出版。这是第一部全面阐述福音义理的大作，初为四卷，分别以圣父、圣子、圣灵和教会命名，正文设有六章，附加写给法王弗朗索瓦一世的“信仰告白”书。后来，在经过1539年、1543年、1550年和1559年的多次重新修订后，加尔文著《基督教要义》最终扩大为80章。