考古学家们对玛雅人的穷兵黩武的新形象有了大概的了解后，就找到了新的原因来解释玛雅文明的消亡。有人认为玛雅文明在各个城邦之间的连绵不断的战争中被摧毁了，从他们在伯利兹的一个地方发现的武器中可以看出这一点。在危地马拉北部的一次发掘中发现了成堆的人头，从这些被砍下的头颅中，考古学家得出了相似的结论，并估计玛雅人在公元820年前后数量就锐减到其以前的5%。
还有人从环境学的角度出发，认为是大自然“淘汰”了玛雅文明。古气候学家在1995年研究尤卡坦半岛中部的奇彻坎努博湖时，发现有大量的沉积物沉淀在湖底。在这些沉积物中，硫酸的含量在公元800～1000年的沉积物中很高。只有在湖水很少的情况下，硫酸才会沉到湖底，而且通常是在干旱时期。据此，考古学家认为，灭亡可能是因为有严重的干旱发生在这一时期，玛雅文明消亡的主要原因就是在干旱的情况下，庄稼歉收、饿殍遍野、疾病盛行。