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清代，北京依旧为帝都。和之前几朝建都一样，清初的北京城也笼罩在政治动荡的阴影之下。这里见证了清初残酷的民族压迫。
顺治元年（1644年）十二月，清廷颁布圈地令，京畿地区的农民被迫离开家园，满人贵族横行乡里。20年里，京郊各县85%的耕地被圈占，近郊的通县（今北京市通州区）土地尽数被占，僻远的怀柔县（今北京市怀柔区），民间土地也“所余无几”。在圈地的同时，清廷“恩准”无衣无食的汉人投充旗下为奴，很多京畿农民不但失去田宅，自己也被迫沦为旗下奴。
为了摆脱庄主压迫，大量沦为旗奴的农民逃亡，顺治三年（1646年），“数月之间，逃人已数万”。除了京郊圈地，北京内城还进行“迁汉”。清军入京后，首先圈占了北京城东、西、中三区的民居。顺治五年（1648年）八月，清廷严令“凡汉官及商民人等，尽徙南城居住”。在“迁汉”的过程中，清廷实行优惠政策，每间房屋补贴银四两，充当搬迁费用。老百姓敢怒不敢言。经过清初对北京城的重新规划，清代北京内、外城实行满汉分居、分治，内城成为拱卫紫禁城的八旗军营。