当刘秀得知这个消息之后，还是难过了一阵子，遂下诏邓禹，令将更始葬于霸陵。然而这个时候邓禹正在上郡、北地等处休兵，离霸陵很远。估计应是邓禹进入长安后，才完成这一特殊使命的。赤眉军虽然退出长安，兵力还是相当强大，“众号百万”。他们在南郊祭天之后，便沿南山(秦岭)西进。“盆子乘王车，驾三马，从数百骑”,在场面上也算壮观。在郿(今陕西眉县东)他们与更始将军严春交战，“破春，杀之，遂入安定、北地”。这时据天水的隗嚣，派遣将军杨广迎击赤眉军，赤眉被击败；紧接着，杨广又追败赤眉于乌氏(今甘肃固原南)、径阳(今甘肃平凉西北)之间。连吃败仗的赤眉军，没有办法被迫退到阳成、番须(大体在今陕甘交界的山区)中，偏偏又“逢大雪，坑谷皆满，士多冻死”。
在这种困难的情况下，他们只好东返长安。在行军途中，赤眉军挖掘了西汉各皇帝的陵墓，“取其宝货”。凡那些使用玉匣(又名玉衣)装殓的尸体，“率皆如生”“遂污辱吕后尸”。当长安的邓禹得知赤眉回师后，即派军前往阻拦，双方大战于郁夷(今陕西虢镇西),邓军大败。邓禹抵挡不住赤眉的攻势，只好撤出长安，退守云阳(今陕西淳化西北)。