拓跋珪乘机反攻，不到一个月，就占领了后燕所属的华北大平原。贪生怕死的慕容宝，逃离中山至龙城（今辽宁朝阳）。慕容垂的弟弟，镇守邺城的大将慕容德孤军奋战，到398年，不得不向南撤离，到了滑台（今河南滑县），宣布独立，自称为王，史称南燕。
398年，拓跋珪定都平城（今山西大同），修筑宫殿，建宗庙，立社稷。399年，拓跋珪称帝，北魏与后秦的关系开始恶化。过了3年（402年），后秦大将姚平率领步骑4万攻取北魏乾壁（今山西襄陵东南）。拓跋珪派遣骑兵6万反击。姚平退守乾壁。后秦皇帝姚兴亲率大军来援，但只是驻兵汾水西岸，不敢渡水而东。姚平粮尽援绝，又渡汾水不得，将校四十余人及兵士2万余人束手就擒，姚兴隔水坐视不敢救。听说柔然有侵魏的打算，拓跋珪引兵回去。这以后，拓跋珪因为精神分裂，癫狂易怒，服寒食散，哪知服了以后精神更加不正常，披头散发，不能治事，不复出兵。北方形势，又暂告安静。