11世纪末，在城市学校的基础上，开始出现西欧的大学。博洛尼亚法律学校后来发展为博洛尼亚大学，它是西欧第一所大学。12世纪，法国和英国先后创办了巴黎大学和牛津大学，13世纪时又建立了奥尔良大学和剑桥大学。到14世纪末，欧洲已有40余所大学，到1500年达到65所。
中世纪西欧的大学，一般都办在经济比较发达、交通比较方便的城市里。教师中有少数僧侣，主要是世俗学者。学生来自不同的社会阶层，有高级教士、贵族和富裕市民的子弟，也有极少数来自比较贫困的家庭。大学里一般设有4个学科，即文艺、神学、医学和法学。许多大学都有自己的特色，如博洛尼亚大学以法学著称，巴黎大学以神学著称，萨勒诺大学则以医学闻名等。大学从创办之日起就遭到天主教会的控制和排挤。教会不但干涉大学的行政管理，而且对师生的学术活动也横加限制，一些古典学术被禁止讲授，许多反对教会权威的学者被教会以“异端”的罪名处以火刑或终身监禁。但是这些并不能遏制“异端”思想在大学中的滋生和传播，大学仍是先进思想的摇篮。
三、经院哲学