为了防止外戚干政，必须制止后妃与其父兄的政治勾结，挫其权势。长孙皇后为了总结历史经验，曾撰文对东明帝马皇后不能抑退外戚专权进行非议。马皇后德行、人品均称东汉一代后妃中的佼佼者，她知书、达礼、孝亲、事君、节俭、言政多与长孙皇后相似，史称贤后，汉章即位尊为皇太后，还晋封马太后的三个兄长为列侯，马太后虽对其姻戚“车如流水，马如游龙”的权势排场如以训诫，然而最终仍同意家兄接受封爵、参与政事。为此，长孙皇后著文论驳汉明德马皇后，以为不能抑退外戚，令其当朝贵盛。乃戒其车水马龙，此乃开其祸源而防其未事耳。她认为，皇后的外家贵盛是乱政的祸源，总结了东汉外戚专权的历史教训，要以之自勉。贞观之治的政治特点是没有出现外戚干政的局面，可以说是与长孙皇后的远见卓识有关。
作为皇后，具有位居宫廷妃嫔之上的大权，然而长孙皇后并不恃权骄人，母仪宫廷、妥善处置。例如，对宫人义存体恤。宫人平时做宫内杂役，贱如奴隶。唐太宗有时易动肝火，往往以非罪迁怒宫人。长孙皇后在唐太宗盛怒之下，只得顺他的性子，不过提出了让她究治的要求，宫人到她的手里，只拘留不搞刑讯。等待唐太宗余怒尽息，慢慢为她们申诉冤屈，得以宽免，由是宫闱之中，刑无枉滥。又如对非亲生子女与亲手子女一视同仁。