（6）改变了内部控制的方式。会计信息化将改变以往会计电算化的内部控制方式。构建科学的内部控制管理组织架构是企业进行有效的会计部门内部控制的基础。以往在会计电算化时代，会计部门的工作人员要先进行手工录入，信息核对之后再进行系统录入。
现在，在会计信息化的条件下，会计信息的录入是实时更新，一次录入式流程。从表面上看，这种会计信息化的流程似乎无懈可击。
但是从内容上仔细分析，我们会发现这一流程存在诸多风险和隐患。其一，后续流程的失真与否取决于前期的数据录入。如果前期录入的数据有失偏颇，那么后续录入数据的可信度也就无从谈起了；其二，整个数据录入流程属于直线型结构。每一阶段之间只有单项信息传递，缺乏沟通机制和反馈机制。“三人成虎”的道理大家都明白，但是防范起来却很难。在一笔业务当中，数据错误如果出现在前期步骤，就有可能在接下来的数据审核过程中被无限放大，形成多米诺骨牌效应。这样一来，就会造成公司大量的资金损失；其三，直线型的数据录入流程在运行过程中存在严重的信息不对称。各个会计部门岗位的工作人员只对自己收到的数据进行审核，各个岗位的工作人员之间缺乏沟通和合作，忽略了数据录入流程本身的整体性和连贯性。管理层很难及时把握数据变化发展动态，往往数据出现严重失真时，才对问题有所了解。并且如果问题发生，各个岗位的工作人员相互推诿责任，无法从根本上建立起员工对单笔数据录入的责任心。因此要想有效实施会计信息化背景下的会计部门内部控制，就要对以往的内部控制方式进行变革。