1985年的《中共中央关于教育体制改革的决定》明确提出要“对高等院校的办学水平进行评估”。1990年，国家教委颁布了《普通高等学校教育评估暂行规定》，为政府主导的高等教育评估提出了统一的规范。1992年国家教委《关于加快改革和积极发展高等教育的意见》肯定了民间实施的高等教育评估的合法地位。1999年，高等教育评估制度在《高等教育法》中获得了合法地位。2003年，我国开启了5年一轮的高等学校本科教学工作评估。至此，我国已建立起政府对高等教育的问责机制，并通过教育问责加强对高等教育的宏观管理与指导。2010年颁布的《教育规划纲要》，要求整合国家教育质量监测评估机构及资源，完善监测评估体系，定期发布监测评估报告；要求加强教育监督检查，完善教育问责机制。
由此可见，在高等教育管理体制改革过程中，政府在不断尝试改变传统的行政指令、计划管理的单一方式，探索高校管理手段的多样化。经过几十年的改革，我国已经实现了通过教育立法、教育评估、教育经费等对高等教育进行宏观指导的多样化管理模式。同时，政府也不再以“统治者”的姿态管理高等教育，而是以“合作者”的身份来治理高校，以实现政府对高等学校从控制到服务、从规制到协调的管理模式转变。